Pod rządami króla Ferdynanda z Aragonii wpływ inkwizycji wzrósł. W kwietniu 1484 r. W Tarasonie w Kortezach Królestwa Aragonii, w tajnej radzie, składającej się z osób powołanych przez króla, stanowisko naczelnego inkwizytora królestwa Kastylii przyznano Tomaszowi Torquemadeowi. Thomas Torquemada mianował brata Gaspara Huglara, mnicha dominikańskiego, i dr Pedro Arbues d'Epil, kanonika kościoła metropolitalnego, jako inkwizytorów diecezji Saragossa.
Dekret królewski nakazał władzom prowincji udzielenie im pomocy, a nowi inkwizytorzy w maju i czerwcu przeprowadzili kilka publicznych i uroczystych auto-da-fés i przekazali świeckim dworom nieszczęśliwych oskarżonych, którzy zostali spaleni. Te egzekucje coraz bardziej irytowały nowych chrześcijan w królestwie Aragonii, którzy wkrótce oczekiwali wznowienia scen wśród nich, które miały miejsce w Kastylii, gdzie trybunał ustanowiony zaledwie trzy lata temu, zrujnowany przez fanatycznych mnichów i księży tysiące ofiar.
Aragończyk widział, że wszystkie ich wysiłki, aby zapobiec powstaniu inkwizycji wśród nich, były daremne i postanowili poświęcić jednego lub dwóch inkwizytorów, aby zastraszyć innych. Byli przekonani, że po tym wydarzeniu nie będzie już wątpliwości co do popularnego nastroju, że nikt nie ośmieli się zostać inkwizytorem, a sam król zrezygnuje z pierwotnego zamiaru z obawy przed zbuntowanymi ruchami, które mogłyby wybuchnąć w Kastylii i Aragonii. “Kiedy spiskowcy zatwierdzili spisek, zaczęli szukać morderców, aby pozbyć się dr. Pedro Arbues d'Epyla, głównego inkwizytora Saragossy. Ich próby nie powiodły się kilka razy.
Pedro Arbues, poinformowany o tej intencji, podjął środki ostrożności, aby być mniej zagrożonym.
Aby uchronić się przed ciosami morderców, inkwizytor nosił pod ubraniem kolczugę i coś w rodzaju żelaznego hełmu pokrytego okrągłą czapką. W czasie morderstwa w kościele metropolitalnym klęczał przy jednej z kolumn kościelnych, gdzie teraz znajduje się mównica dla apostoła; obok niego była jego latarnia, a gruby kij opierał się o kolumnę. 15 września 1485 po jedenastej wieczorem, podczas gdy kanon w ołtarzu kościoła czytał poranne modlitwy, Juan d'Esperaindeo, uzbrojony w miecz, podszedł do niego, uderzył go silnym ciosem ostrzem w lewą rękę.
Vidal d'Uranzo, ostrzeżony przez Juana d'Abadię, by został uderzony w szyję, uderzył go od tyłu ciosem, który złamał zbroję i spowodował tak głęboką ranę na głowie, że inkwizytor zmarł na nią dwa dni później, to znaczy 17 września.
Kalkulacja polityczna zainspirowała go, podobnie jak Izabellę, do uczczenia pamięci Arbuesa z jakąś uroczystością, która w znacznym stopniu przyczyniła się do ukazania go jako świętego i otaczającego go szczególnym kultem w kościołach. Stało się to znacznie później, kiedy papież Aleksander VII 17 sierpnia 1664 r. Ponumerował Arbues na twarz błogosławionych, jako męczennik za wiarę. W odpowiednim czasie wzniesiono dla niego wspaniały grób, a jego ciało zostało złożone w nim 8 grudnia 1487 roku. “