Freski zdobiące kościół San Francesco w Asyżu to kolejny poważny problem “dzhotologii”. Budowa tego kościoła rozpoczęła się w 1228 r., Bezpośrednio po kanonizacji św. Franciszka, który zmarł w 1226 r. W latach 1260-1320 w kościele pojawiły się murale, stworzone przez czołowych ówczesnych artystów.
Jednak autorstwo żadnego z nich nie jest udokumentowane. Niektóre źródła wieków XIV-XV wspominają, że Giotto pracował w Asyżu. Kolejna wskazówka tego faktu znajdujemy w “Biografiach” D. Vasariego.
Pisze, że Giotto napisał serię słynnych fresków w górnym kościele San Francesco.
Pokazano tutaj dwa freski z tej serii – “Stygmatyzacja św. Franciszka” i “Cudowne odkrycie źródła”. Vasari zauważa również, że Giotto przybył do Asyżu na zaproszenie Giovanniego da Murrovalle, który rządził miastem od 1296 do 1304 roku.
W ten sposób ustalono datowanie tych prac. Do końca XIX wieku informacje te uznano za całkowicie wiarygodne. Potem były pytania.
W szczególności: czy wszystkie freski są malowane tą samą ręką? Niektórzy badacze twierdzili, że seria fresków została wymyślona tylko przez Giotta, ale mistrzowie nieznani nam zdali sobie sprawę z jego pomysłu. Inni krytycy całkowicie zaprzeczają zaangażowaniu Giotta w tworzenie tych fresków, motywując jego opinię, że freski w Asyżu są stylistycznie bardzo różne od fresków namalowanych przez Giotta dla kaplicy del Arena w Padwie, a znalezienie Asyżu jest lekkie i niedoskonałe.
Spory trwają do dziś.