Około 1610 roku El Greco namalował obraz Laokoon. Przedstawia bohaterów mitu wojny trojańskiej, zgodnie z którym ksiądz Laocoon próbował ostrzec trojany przed nadmierną łatwowiernością wroga, a nie wciągać drewnianego konia do twierdzy. W tym celu bogowie byli źli i ukarali czujnego kapłana: węże udusiły Laocona swoimi synami.
Przestraszeni obywatele pospieszyli, by przeciągnąć konia do Troi.
W 1506 r. W Rzymie odkryto rzeźbę “Laokoon i jego synowie”, wykonaną przez rzeźbiarzy z Rodos. Zainspirowała wielu artystów i rzeźbiarzy epoki. El Greco był wśród nich. Jednak twórczo przemyślał słynny mit, stosując go do czasów współczesnych, a ze wszystkich znanych dotychczas dzieł El Greco, Laocoon jest jedynym wątkiem mitologicznym.
W późnym okresie twórczości mistrz rzadko stosował kompozycje poziome, raczej wąskie i wysokie formaty obrazów. Jednak w “Laokoon” istnieje pragnienie w górę, ze względu na wydłużone postacie na krawędziach obrazu.
Na tle twierdzy Toledo, która pojawia się w postaci legendarnej Troi, przedstawione są wielkie nagie postacie ludzkie. Kapłan i jeden z jego synów już upadli na kamienie. Młody człowiek leżał bezwładnie na ziemi, przegrywając bitwę z surową skałą.
Starszy, ale silny ojciec, napierający całą swoją siłą, zaciekle walczący z wężem. Jednak bitwa jest prawie stracona, a śmierci nie można uniknąć, możesz tylko nieznacznie opóźnić. Drugi młody mężczyzna wciąż stoi na nogi, ale jego śmierć jest już z góry określona – wąż gryzie się w bok.
Z bezradną rozpaczą patrzy w niebo, ale nie ma zbawienia, niebo jest głuche na błagania nieszczęśliwych.
Po prawej są postacie, które były świadkami tragedii. Przez długi czas widzowie widzieli tylko dwie postacie. Podczas renowacji, przeprowadzonej w latach 1955-1956, odkryto trzecią, która jest prawie całkowicie ukryta przez stojące postacie. Wydawało się, że wcześniej ukryta osobowość pojawiła się przed zdumionymi restauratorami z nicości – trzecia głowa została znaleziona pod warstwą farby między dwiema głowami, a następnie piąta noga poniżej.
Z jakiego powodu ta figura została zamalowana, nadal jest nieznana. Być może sam El Greco zmienił trójcę w duet, a może następne pokolenie to ukryło. Uważa się, że obraz nigdy nie został ukończony, zapobiegła temu śmierć artysty.
Tradycyjnie zakłada się, że para po prawej stronie to liczby żeńskie i męskie, jednak nie ma przekonujących argumentów na rzecz tego punktu widzenia. Być może pierwotnie uważano je za rodzaj aseksualnych duchowych istot. W różnych czasach uważano je za wizerunki Adama i Ewy, Paryża i Heleny, Posejdona i Kasandry, Apolla i Artemidy.
W przerwie między grupą na pierwszym planie a murami twierdzy widać żywego konia wolno galopującego w kierunku miasta. Dlaczego na zdjęciu El Greco drewniany koń żył i był w stanie dostać się do miasta bez pomocy, a gdzie są tłumy triumfujących trojanów? Taka była interpretacja wielkiego mistrza.
Dla niego zła skała jest zawsze żywa.