Pod koniec lat 80. XVIII wieku religijne obrazy intymnego, kameralnego planu zostały zastąpione w pracach Botticellego wielkoformatowymi kompozycjami, jakby skierowanymi do bardziej masowej publiczności. Podczas gdy w latach 1484-1489 Botticelli zdaje się być zadowolony z siebie i pogodnie przeżywa okres chwały i umiejętności, „Ołtarz św. Marka” demonstruje już zamieszanie, nowe niepokoje i nadzieje.
Wpływ tego obrazu wynika w dużej mierze z interpretacji niebiańskiej wizji, nasyconej motywami religijnymi i symbolicznymi o apokaliptycznej kolorystyce. Zainspirowały ich kazania Savonaroli we Florencji, które wkrótce doprowadziły do puczu politycznego, który zakończył się wydaleniem Medyceuszy w 1494 roku.
W rozwiązywaniu tematów inne intonacje brzmią coraz bardziej, wypełnia je ostry, dramatyczny dźwięk. Sam format dzieł Sandro z tego okresu na motywy religijne ma charakter rozszerzony, co nadaje im nowe znaczenie. Typowym przykładem tego typu kompozycji jest ołtarz św.
Marka, jedno z najwybitniejszych dzieł Botticellego.
Florentine Jewellers Guild była odpowiedzialna za utrzymanie i dekorację dominikańskiego kościoła San Marco, jedna z kaplic kościoła była poświęcona ich patronce św. Eligii. Ołtarz przedstawiający „Koronację Maryi z Aniołami, Jana Ewangelistę i Świętych Augustynów, Hieronima i Eligii”, znany jako ołtarz św. Marka, napisany przez Botticellego około 1488-1492, był przeznaczony dla tej kaplicy. Fakt, że obraz ołtarza został zamówiony przez jubilerów, wyjaśnia użycie dużej ilości złota w tym kawałku.
Złote tło na górze obrazu rozróżnia świat niebiański od ziemskiego, jednak nadal stykają się w przestrzeni obrazu, taka interpretacja była niezwykła dla dzieł tamtych czasów.
Centralna część ołtarza jest naznaczona cechami archaicznymi: postacie aniołów i świętych różnią się znacznie w skali; Fantastyczna nisza, w której znajduje się scena koronacji, kontrastuje z bardziej realistyczną interpretacją środowiska przestrzennego czterech głównych bohaterów. Otoczony przez radosne anioły, Bóg Ojciec i Dziewica Maryja siedzą na niebiańskich tronach, a pod ich stopami jest dywan chmur. Botticelli po mistrzowsku wypisał zorzę z ich postaci w półkolistej górnej części obrazu, co jest zgodne z kopulastą architekturą kaplicy.
Cztery monumentalne figury świętych umieszczone w półkolu na łące, na tle krajobrazu z jeziorem i pagórkowatymi brzegami. Apostoł Jan, autor Ewangelii, Listów i Apokalipsy, przedstawiony z podniesioną książką, działa jako pośrednik między widzami wizji a fantastyczną rotacją aniołów wokół tęczowego łuku cherubinów i serafinów graniczących ze sceną Koronacji Maryi. Pojawienie się aniołów na tle złotych promieni, w oślepiającym blasku, wśród deszczu róż i ziemskiego krajobrazu z jego skałami i pustynną łąką, na której stoją święci, zdają się podkreślać kontrast między fantasmagoryczną i atrakcyjną niebiańską rzeczywistością a światem materialnym.
W przedstawieniu aniołów jest wiele emocji, gest przysięgi św. Hieronima tchnie w niego pewność siebie i godność. Jednocześnie istnieje pewne odstępstwo od „doskonałości proporcji”.
Intensywność rośnie, jednak odnosi się wyłącznie do wewnętrznego świata bohaterów, a zatem nie jest pozbawiona wielkości, wzrasta ostrość koloru, coraz bardziej niezależna od światła i cienia.