Zamówienia Botticelli otrzymał głównie we Florencji. Jeden z najbardziej niezwykłych jego obrazów „Święty Sebastian” jest wykonany dla najstarszego kościoła w mieście Santa Maria Maggiore. 20 stycznia 1474 r. Z okazji święta św. Sebastiana Maggiore obraz został uroczyście umieszczony na jednej z kolumn kościoła Santa Maria.
To pierwsze udokumentowane dzieło religijne artysty, obecnie mocno osadzone w artystycznej panoramie Florencji.
Obraz przedstawia męczennika 3 w. n e. Sevastyan, dowódca pretorianów ze szlacheckiej rodziny, który wierzył w Chrystusa. Cesarz Dioklecjan skazał go na egzekucję. Młody człowiek był przywiązany do kolumny w Koloseum, a oddział legionistów strzelił do niego tysiąc strzał.
Sevastyana pozostawiona na śmierć. Matka straconego chrześcijanina opuściła go, ponagliła go, by uciekł z Rzymu.
Ale Sewastańczyk otwarcie ogłosił swoją wiarę – na schodach cesarskiego pałacu przemawiał w obronie skazanych chrześcijan. Dioklecjan ponownie zarządził egzekucję Sebastiana. Bracia z wiary znaleźli swoje ciało i pochowali je w katakumbach przy grobach św.
Piotra i Pawła.
Sebastian został kanonizowany przez Kościół katolicki. W V wieku na jego grobie zbudowano świątynię. W przeszłości św.
Sebastian był wezwany do pomocy chorym zaraza, jest uważany za patrona żołnierzy, łuczników, garncarzy.
Zazwyczaj ten święty był przedstawiany jako młody człowiek przywiązany do słupka i przebity strzałami. Interpretacja świętego Botticellego zostaje rozjaśniona, proporcje jego pięknego ciała są wydłużone. Figura Sebastiana, jego postawa, a nawet pień drzewa, do którego jest przymocowany, niemal dokładnie powtarza obraz Pollayolo; ale Pollaiolo Sebastian jest otoczony przez wojowników, strzelają do niego – a on cierpi: jego nogi trzęsą się, jego plecy są konwulsyjnie wygięte, jego twarz jest podniesiona ku niebu.
Postać bohatera Botticellego wyraża całkowitą obojętność wobec otoczenia, a nawet pozycja jego rąk związanych za plecami jest postrzegana raczej jako gest wyrażający głęboką medytację; ta sama medytacja jest zapisana na jego twarzy, z lekko uniesionymi brwiami, jakby w żałosnej niespodziance. Artysta nie wychwala bohatera przebitego strzałami, ale jakby żałował zrujnowanego piękna.